Het onderzoek van Jeroen Hinloopen begeeft zich op het terrein van de industriële organisatie, het vakgebied binnen de economische wetenschap dat de werking van imperfect concurrerende markten bestudeert. Hij heeft tal van internationale wetenschappelijke publicaties op zijn naam staan over uiteenlopende onderwerpen, waaronder prijsregulering, comparatief voordeel, onderzoek en ontwikkeling, optimale financieringsstructuren van ondernemingen, productdifferentiatie, stilzwijgende samenspanning, mededingingsbeleid, en robuuste test- en schattingsmethoden. Hinloopen is ook hoofdauteur van de lesmethode Praktische Economie voor de bovenbouw havo en vwo.

Hinloopen studeerde Econometrie aan de Erasmus Universiteit Rotterdam en promoveerde aan het Europees Universitair Instituut te Florence. Hij is sinds 1 februari 2017 onderdirecteur van het CPB. Tot die tijd was hij hoogleraar Industriële Organisatie en onderwijsdirecteur aan de Utrecht University School of Economics (U.S.E.), onderdeel van de Universiteit Utrecht. Van 2009 tot 2015 bekleedde Hinloopen ook al de leerstoel Industrial Organization aan de UvA. Eerder was hij verbonden aan de Universiteit van Kopenhagen, de Technische Universiteit Delft en de Katholieke Universiteit Leuven. Ook heeft hij ervaring als beleidsadviseur bij De Nederlandsche Bank en het Ministerie van Economische Zaken.

Hinloopen is fellow van het Tinbergen Instituut, en van het Amsterdam Centre for Law and Economics (ACLE). Hij is lid van het Me Judice Economenpanel, een discussieforum over actuele economische vraagstukken.