Van Schaardenburg heeft veel ervaring opgedaan met chronische reumatische ontstekingsziekten. Door betere behandelmethoden is de focus gaandeweg verlegd van het verminderen van de gevolgen naar de vroege opsporing en (preventieve) behandeling van reumatische ziekten. Van Schaardenburg heeft zich daarbij toegelegd op de vroegste fase van reumatoïde artritis (RA), waarbij mensen met een verhoogd risico op RA nog geen ontstoken gewrichten hebben, maar vaak wel vage klachten en verschillende veranderingen in hun immuunsysteem. Voor dit onderzoek werkt hij intensief samen met AMC, VUmc en Sanquin Research. Deze lijn wordt nu versterkt door inbedding in het in oktober 2014 opgerichte Amsterdam Rheumatology and immunology Center (ARC). ARC is een samenwerking op onderzoeksgebied van de afdelingen reumatologie van AMC, Reade en VUmc.

Van Schaardenburg werd opgeleid tot internist en reumatoloog in Leiden, waar hij promoveerde op reumatoïde artritis bij bejaarden. Hij is medisch manager van Reade Reumatologie en stageopleider reumatologie voor AMC en VUmc. Van Schaardenburg is tevens projectleider van een consortium dat werkt aan de voorspelling van het effect van biologicals bij reumatoïde artritis.