Jos Baeten richt zich in zijn onderzoek de laatste jaren op de notie van berekenbaarheid binnen de theoretische informatica. In eerder onderzoek was hij actief in de formele methoden, met name in de procesalgebra. Aan het Institute for Logic, Language and Computation (ILLC) van de UvA, waar de leerstoel is ondergebracht, gaat hij zich voornamelijk bezighouden met het geven van onderwijs en het begeleiden van studenten en promovendi. ’Als directeur van een wetenschappelijk instituut vind ik het belangrijk om zelf actief te blijven als wetenschapper’, licht Baeten toe. ‘Het ILLC, waar ik kan aansluiten bij een hoogwaardige onderzoeksgroep in de theoretische informatica, is de beste plaats voor onderzoek naar berekenbaarheid.’ 

Baeten is sinds 2011 algemeen directeur van NWO-instituut CWI, het nationaal onderzoeksinstituut voor wiskunde en informatica. Daarnaast was hij sinds 1991 hoogleraar Theoretische Informatica aan de Technische Universiteit Eindhoven (TUE). Hij was tevens decaan en vice-decaan van de Faculteit Wiskunde en Informatica van de TUE; beide functies bekleedde hij voor twee termijnen. Eerder werkte hij onder meer als universitair hoofdocent Informatica aan de UvA en als senior-onderzoeker bij het CWI. Baeten is medeoprichter en tegenwoordig bestuurslid van het Institute for Programming research and Algorithmics. Ook was hij adviseur van de groep Foundations of Software Engineering van het CWI, bestuurslid van de Nederlandse Vereniging voor Theoretische Informatica en voorzitter van de sectie Wetenschap & Educatie van Ngi-NGN, de Nederlandse beroepsvereniging van en voor ICT-professionals en -managers. Baeten is auteur van verschillende invloedrijke tekstboeken en publiceerde in toonaangevende vaktijdschriften, waaronder Journal of the ACM en Information and Computation.