Jeannette Schaeffer doet onderzoek naar taalverwerving bij kinderen (met en zonder taalstoornissen), en recentelijk ook bij volwassenen. Door taalverwervingspatronen van verschillende talen en verschillende groepen taalgebruikers naast elkaar te leggen draagt haar onderzoek bij aan zowel taalontwikkelingsmodellen als taaltheoretische modellen. Centraal in Schaeffers onderzoek staat de vraag welke rol de verschillende componenten van taal (bijvoorbeeld grammatica en pragmatiek) en cognitie spelen in het verwerven van een taal, en hoe taalcomponenten en cognitie met elkaar interageren. Op deze manier legt zij factoren bloot die ten grondslag liggen aan taalverwerving(stoornissen). Hierdoor kunnen taalproblemen specifieker geformuleerd worden, wat leidt tot betere behandelingsmogelijkheden. 

Momenteel ligt de focus van Schaeffers onderzoek op de taalontwikkeling van kinderen met autisme en met Specific Language Impairment (‘specifieke taalstoornis’). Naast gedragsexperimenteel onderzoek is Schaeffer ook geïnteresseerd in elektrofysiologische technieken, zoals event related potentials (ERP’s, elektrofysiologische reacties van de hersenen op gebeurtenissen in de omgeving). Deze technieken zou ze in de toekomst graag toepassen in haar onderzoek naar taalontwikkeling(stoornissen). Verder is Schaeffer van plan haar onderzoeksdoelgroepen uit te breiden naar onder meer kinderen met ADHD en kinderen met het Williams Syndroom. 

Schaeffer is sinds 2011 werkzaam als universitair docent Nederlandse taalkunde bij het departement Neerlandistiek van de UvA en als onderzoeker bij het Amsterdam Centre for Language and Communication (ACLC) van de UvA. Voor haar komst naar Amsterdam was zij universitair hoofddocent Taalwetenschap aan de Ben-Gurion University van de Negev (Israël) en co-director van het Laboratory for Speech, Language Acquisition and Autism Research. Ook werkte ze veelvuldig als gastdocent en -onderzoeker in het buitenland, onder andere aan de Universiteit van Wenen, Boston University, het Massachusetts Institute of Technology (MIT) en de University of California, Los Angeles (UCLA). Schaeffer is redactielid van het wetenschappelijke tijdschrift Language Acquisition.