Peter van Baalen doet onderzoek naar sociale, organisatorische en strategische aspecten van (interorganisationele) informatiesystemen. De belangrijkste toepassingsgebieden zijn kennismanagement, Het Nieuwe Werken, e-learning en interorganisationele informatieplatforms. In het bijzonder gaat zijn aandacht daarbij uit naar digitale innovaties die de traditionele rol van informatiesystemen in en tussen organisaties sterk zullen veranderen zoals: digitalisering van communicatie- en bedrijfsprocessen, the Internet of Things, miniaturisation of computing, cloud computing, enterprise social media en big data.

Van Baalen zal zich in zijn onderzoek richten op de sociale, organisatorische en strategische gevolgen van deze digitale innovaties voor organisaties. De implementatie van deze digitale innovaties verloopt niet zonder slag of stoot. Hij zal zijn aandacht daarom blijven richten op implementatievraagstukken rond digitale innovaties.

Naast zijn hoogleraarschap zal Peter van Baalen ook de functie van directeur van het College of Economics & Business (CEB) van de Faculteit Economie en Bedrijfskunde bekleden.

Van Baalen is sinds 1999 universitair hoofddocent Information Management aan de Rotterdam School of Management van de Erasmus Universiteit. Hij is wetenschappelijk directeur van het Centre for E-learning en codirecteur van het onderzoekscentrum Erasmus@Work. Van Baalen neemt deel aan nationale en internationale onderzoeksprojecten. Peter van Baalen schreef verschillende boeken (o.a. informatie technologie in MKB, inter-organisationele informatiesystemen, kennismanagement, managementonderwijs in de netwerkeconomie) en een groot aantal artikelen, onder meer in bladen als Decision Support Systems, European Journal of Information Systems, Management Information Systems Quarterly Executive en European Management Journal.