Marcel Prins doet onderzoek naar het infectieproces van plantenvirussen en de afweer van planten tegen virussen. Hij wil begrijpen hoe het komt dat sommige planten gevoelig zijn voor specifieke virussen en andere niet. Met deze kennis kan gericht worden gezocht naar nieuwe mogelijkheden om de grote wereldwijde problemen met virussen in land- en tuinbouwgewassen op te lossen. Op deze wijze draagt dit onderzoek bij aan het in de toekomst voorzien van de groeiende wereldbevolking van voldoende verantwoord geproduceerd voedsel van hoge kwaliteit.

Op het snijvlak van de vakgebieden planten-genomica, fysiologie, biochemie en moleculaire biologie doet Prins onderzoek naar de componenten van de plant die essentieel zijn voor de levencyclus van de ziekteverwekker en hoe het virus deze moleculen inzet voor eigen gebruik. Hoewel planten - in tegenstelling tot dieren - niet beschikken over een immuunsysteem, zijn ze wel in staat zich te verweren tegen virussen. Dit kan bijvoorbeeld door het gericht vernietigen van het genoom van het virus door een proces dat RNA-interferentie heet. Een andere mogelijkheid is de cellen rondom de infectiehaard aan te zetten tot zelfmoord zodat de voedingsbodem voor verdere vermeerdering van het virus weggenomen wordt. Ook deze processen zijn onderwerp van studie. Prins is tenslotte gefascineerd door de manier waarop virussen in staat zijn de afweer van de plant te omzeilen, te frustreren of zelfs in hun eigen voordeel uit te buiten.

Na een loopbaan als universitair docent bij het Laboratorium voor Virologie van Wageningen Universiteit, is Prins sinds 2007 werkzaam bij KeyGene, een R&D-bedrijf dat zich richt op het ontwikkelen en toepassen van high-tech innovaties ten behoeve van de veredeling van gewassen. Sinds 2013 is hij hoofd van de afdeling vegetable crops. Prins is lid van het managementteam van KeyGene en voorzitter van de R&D board die het onderzoek bij KeyGene aanstuurt. Hij is tevens lid van het uitvoerende comité van het Europese Technologie Platform ‘Plants for the Future’ in Brussel. Prins is mede-uitvinder van diverse octrooi-aanvragen en heeft een groot aantal wetenschappelijke publicaties op zijn naam staan in toonaangevende wetenschappelijke tijdschriften als Journal of Virology, PNAS, Genome Research, Journal of General Virology, Molecular Plant-Microbe Interactions, en PLoS Pathogens.