Geert Janssen is gespecialiseerd in de geschiedenis van de Nederlanden in de zestiende en de zeventiende eeuw. Hij publiceert over politieke en religieuze cultuur en over de geschiedenis van migratie. Op dit moment rondt Janssen een boek af over vluchtelingen en religieuze radicalisering tijdens de Nederlandse Opstand (The Dutch Revolt and Catholic Exile in Reformation Europe). Hierdoor is hij in het bijzonder geïnteresseerd geraakt in transnationale benaderingen van de Nederlandse geschiedenis. In de komende jaren wil hij zich onder andere richten op de invloed van internationale migratie op de cultuurgeschiedenis van de Gouden Eeuw.

 Janssen werkt sinds 2010 bij de University of Oxford als docent Vroegmoderne Nederlandse Geschiedenis en als fellow van Corpus Christi College. Voor die tijd werkte hij onder meer als docent aan de University of Cambridge. Hij ontving in 2007 van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) een Veni-subsidie. Janssen is de auteur van Princely Power in the Dutch Republic. Patronage and William Frederick of Nassau (1613-64) (Manchester University Press, 2008). Samen met Alexandra Bamji en Mary Laven was hij redacteur van de Research Companion to the Counter-Reformation (Ashgate, 2013). Janssen publiceerde daarnaast in wetenschappelijke tijdschriften als Journal of Ecclesiastical History, Renaissance Quarterly, Sixteenth Century Journal en History.