Menno de Winther bestudeert de rol van cellen van het aangeboren afweersysteem in de ontwikkeling van aderverkalking, of atherosclerose. Atherosclerose is een chronische ontstekingsziekte waarbij vet en immuuncellen zich ophopen in de vaatwand. Het onderzoek van de Winther richt zich vooral op de macrofaag, een belangrijke immuuncel uit het aangeboren afweersysteem die in grote mate bijdraagt aan de ontwikkeling van atherosclerotische plaques. Macrofagen laten een grote heterogeniteit zien en kunnen zich, al naar gelang hun omgeving, ontwikkelen in verschillende subtypes met bijvoorbeeld inflammatie-stimulerende of juiste sterk ontstekingsremmende kenmerken. Binnen de groep van de Winther wordt onderzoek gedaan naar de regulatie van macrofagen in atherogenese en de interactie met omgevingsfactoren zoals specifieke cytokines of circulerende en ophopende vetten. Het onderzoek van de Winther zal zich de komende jaren richten op het verder ontrafelen en identificeren van nieuwe moleculaire mechanismes die bijdragen aan het ontwikkelen van de verschillende macrofaag subtypes in atherosclerose en de ontwikkeling van nieuwe manieren om macrofagen te polariseren richting een atherosclerose-beneficieel subtype.

De Winther is universitair hoofddocent Medische Biochemie aan het AMC-UvA. Voorheen was hij onder meer werkzaam als universitair (hoofd)docent Moleculaire Genetica en Principal Investigator bij CARIM, School for Cardiovascular Diseases aan de Universiteit Maastricht. De Winther ontving in 2005 van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) een Vidi-subsidie. Daarmee onderzocht hij hoe ontstekingsprocessen macrofagen sturen, vet-etende immuuncellen die plaatselijk ophopen in de vaatwand en kenmerkend zijn voor aderverkalking. De Winther publiceerde in diverse internationale wetenschappelijke tijdschriften, waaronder Cell Metabolism, Journal of Clinical Investigation en Blood.