Binnen het vakgebied van de chirurgie zijn de grenzen het laatste decennium verlegd. De aandacht heeft zich verbreed van chirurgie van infecties van het maagdarmstelsel en de alvleesklier tot het geheel van alle fasen van het ziekteproces. Dit continuüm loopt van het acute moment van ziek zijn (acute buikpijn) via diagnostiek, operatie, behandeling met medicijnen en orgaanondersteunende therapie tot late-fase-hersteloperaties. Het concept van de ‘kritiek zieke patiënt’ met een acute aandoening van de buik, waarbij de verschillende fasen van ziek zijn vragen om verschillende behandelbeslissingen, is complex en vereist in toenemende mate een overkoepelende inbreng van de chirurg op zowel algemeen als detailniveau. Dit is niet los te zien van keuzes en besluitvorming rondom diagnostiek en niet-chirurgische interventies, en verwerving van kennis over het verminderen van de kans op complicaties. Ook de behandeling van complicaties is een vak apart.

Marja Boermeester stimuleert de herpositionering van de gastro-intestinale chirurgie op dit gebied. Binnen de gastro-intestinale chirurgie wordt, meer dan vroeger, in multidisciplinair verband patiëntenzorg verleend en worden vraagstukken bestudeerd rondom diagnostiek, chirurgische en niet-chirurgische behandeling en langetermijneffecten van abdominale infecties. Boermeester concentreert zich op de optimale behandeling van abdominale infecties zoals peritonitis en pancreatitis, en op nieuwe reconstructiemethoden. Patiënten met acuut darmfalen - bijvoorbeeld als gevolg van darmfistels of een te korte darm na infectie of operatie - worden door een multidisciplinair team begeleid, waardoor een deel van de zorg thuis kan worden gegeven. Optimale timing van interventies is zowel bij peritonitis en pancreatitis als bij darmfalen een belangrijk onderwerp van onderzoek. Deels heeft het onderzoek een translationeel karakter, waarbij immunologische responsen en genetische varianten worden geëvalueerd in relatie tot beloop en uitkomst van de ziekte.

Boermeester is sinds 2002 werkzaam als maag-, darm- en leverchirurg en klinisch epidemioloog in het Academisch Medisch Centrum, waar zij verschillende onderzoekslijnen leidt. Tevens is zij lid van de Research Council van het AMC en een van de Principal Investigators van dit ziekenhuis. Ze bekleedt daarnaast diverse binnenlandse en buitenlandse bestuurs- en adviesfuncties, waaronder die van lid van de Surgical Infection Society Europe en van de commissies Richtlijnen en Patiëntveiligheid van de Nederlandse Vereniging voor Heelkunde. In 2009 werd de OPTIMA-studie naar beeldvorming bij acute buikpijn bekroont met de ZonMW Parel voor beste doelmatigheidsproject. In 2011 ontving Boermeester de ZorgVeiligPrijs van de Inspectie voor de Gezondheidszorg voor de SURPASS peri-operatieve checklist. Ze heeft een groot aantal publicaties op haar naam staan in toonaangevende wetenschappelijke tijdschriften als New England Journal of Medicine, British Medical Journal, Journal of the American Medical Association, Radiology en The Lancet.