Brian Burgoon richt zich in zijn onderzoek op vergelijkende en internationale politieke economie, in het bijzonder op de politiek van economische globalisering. Daarbinnen houdt hij zich bezig met drie thema’s, waarin de verbanden tussen politieke en economische conflicten op zowel internationale als nationale vlakken centraal staan. De eerste betreft de aard, de oorzaken en de gevolgen van economische globalisering, met inbegrip van handel, investeringen en migratie. In het tweede thema kijkt hij naar de achtergrond en de implicaties van regelgeving en sociaal beleid met betrekking tot de arbeidsmarkt in geïndustrialiseerde landen. En het derde heeft betrekking op de politieke economie van gewelddadige conflicten, zoals burgeroorlogen en terrorisme.

Burgoon is betrokken bij verschillende onderzoeksprojecten, binnen de UvA maar ook in internationaal samenwerkingsverband. Zo werkt hij in het interuniversitaire, interdisciplinaire project IMPALA (‘International Migration Policy and Law Analysis’), dat de inhoud en strengheid van immigratiewetgevingen van 1960 tot heden meet en analyseert in 26 landen. In het interuniversitaire project ‘Political Responses to Globalization Survey’ meet en analyseert Burgoon de attitudes van zowel werknemers als werkgevers over economische globalisering en beleid. Hij werkt ook in het door NWO gefinancierde project ‘Human Rights Promotion and Violent Conflict’, dat analyseert of het bevorderen van mensenrechten door internationale organisaties gewelddadige conflicten vermindert of verergert.

Burgoon is sinds 2001 werkzaam aan de UvA, eerst als universitaire docent en sinds 2007 als universitair hoofddocent Internationale betrekkingen. Hij is tevens coördinator van de programmagroep Political Economy and Transnational Governance van het Amsterdam Institute for Social Science Research (AISSR) van de UvA. Voor zijn komst naar de UvA werkte Burgoon als universitair docent aan de School of Advanced International Studies van Johns Hopkins University (VS). Ook doceerde hij aan Harvard University (VS) en Massachusetts Institute of Technology (M.I.T.), waar hij tevens promoveerde. Hij publiceerde in verschillende wetenschappelijke tijdschriften, waaronder Journal of Conflict Resolution, Comparative Political Studies, International Organization en Review of International Political Economy.