De chirurgische oncologie heeft de afgelopen twintig jaar een grote verandering doorgemaakt: de benadering van de patiënt met kanker is steeds meer multidisciplinair geworden. Gespecialiseerd verpleegkundigen fungeren als 'case manager' en steunen de patiënt en diens familie; artsen werken samen vanuit verschillende disciplines en elke patiënt wordt voor en na behandeling besproken in het multidisciplinaire team. Hierdoor ontstaat een continuüm van zorg rondom de patiënt en diens familie.

De focus van Jean Klinkenbijl zal liggen op het verder uitbouwen van het behandelingsprincipe waarbij een continuüm van zorg centraal staat: van polikliniek naar kliniek en follow-up. Hij richt zich daarbij met name op de coördinatie van (chirurgisch-)oncologische zorg in het AMC en daarbuiten. Op wetenschappelijk vlak wordt het behandelprincipe onderbouwd en gebruikt om de zorg verder te verbeteren. Daarnaast houdt Klinkenbijl zich bezig met specifiek kankergericht onderzoek op het gebied van slokdarm- en maagkanker, waarbij hij zich met name richt op chirurgische verbeteringen en multidisciplinaire behandelingen.

Klinkenbijl werkt sinds 2009 als kernstaflid op de afdeling Chirurgie van het Academisch Medisch Centrum (AMC). Tevens is hij bestuursvoorzitter van het Gastro-Intestinaal Oncologisch Centrum Amsterdam (GIOCA) van het AMC. Eerder was hij onder meer werkzaam als chirurg bij het Rijnstate Ziekenhuis in Arnhem. Klinkenbijl bekleedt diverse bestuurs- en adviesfuncties, waaronder die van lid van de wetenschappelijke raad van KWF Kankerbestrijding en voorzitter van de normerings- en certificeringscommissie van de Nederlandse Vereniging voor Heelkunde. Hij publiceerde in wetenschappelijke vakbladen als New England Journal of Medicine, Journal of Clinical Oncology en Annals of Surgery.