Edwin Heithuis besteedt in zijn onderwijs en onderzoek al jaren bijzondere aandacht aan de belastingheffing van MKB-ondernemingen. Hij richt zich in zijn onderzoek onder meer op de effectiviteit van fiscale stimuleringsmaatregelen voor ondernemers en op de (door)groei van ondernemers. Hij onderzoekt in hoeverre het fiscale instrumentarium toereikend is om ondernemers te laten (door)groeien en op welke wijze de fiscaliteit daarbij kan ondersteunen.

Een ander belangrijk thema in het onderzoek van Heithuis is de fiscale neutraliteit van diverse ondernemingsvormen en op welke wijze deze kan worden bevorderd. De praktijk wijst namelijk uit dat MKB-ondernemingen zich niet zelden laten leiden door de fiscale regelgeving waardoor de onderneming niet datgene doet wat in economische zin het meest optimaal is. Hierbij kijkt hij ook naar ontwikkelingen in de Europese Unie en in de OESO en wordt bezien in hoeverre die voor de Nederlandse belastingheffing van nut kunnen zijn.

Sinds enige tijd is ook de opvolging van ondernemingen naar de volgende generatie, binnen dan wel buiten de familie, een belangrijk onderzoeksthema van Heithuis, aangezien vele na-oorlogse ondernemingen reeds zijn dan wel binnenkort zullen worden overgedragen. De belastingwetgeving kent verschillende zeer uiteenlopende en ingewikkelde regels om bedrijfsopvolgingen fiscaal te begeleiden. De vraag rijst dan of deze regelingen hun doel bereiken dan wel juist contraproductief werken.

Heithuis is reeds vele jaren werkzaam in de fiscale wetenschap. Vóór zijn benoeming aan de Universiteit van Amsterdam was hij hoogleraar fiscale economie aan de Erasmus Universiteit Rotterdam (tot 1 maart 2007) en hoogleraar belastingrecht aan de Universiteit Utrecht (tot 1 september 2011). Sinds 2005 is hij tevens werkzaam bij BDO Belastingadviseurs, eerst als hoofd van de fiscale sectie bij Bureau Vaktechniek in Tilburg, later als wetenschappelijk adviseur. Ook is hij rechter-plaatsvervanger in de Rechtbank Den Haag. Heithuis is buitengewoon lid van de Nederlandse Orde van Belastingadviseurs en van het Register Belastingadviseurs. Hij heeft vele boeken en artikelen op zijn naam staan op het gebied van het belastingrecht.