José Henriques focust in zijn onderzoek op zowel de interventiecardiologie in het algemeen als op  patiënten met cardiogene shock in het bijzonder. De interventiecardiologie is gericht op het uitvoeren van diagnostische en therapeutische handelingen aan het hart. De meest gebruikte behandeltechnieken zijn die waarbij vernauwingen in de kransslagaders worden verwijd met achterlaten van een stent (dotteren). Ook bij een acuut hartinfarct – een acute afsluiting van een kransslagader – wordt een dotterbehandeling uitgevoerd, waardoor de schade aan de hartspier beperkt blijft en de pompfunctie behouden kan blijven. Wanneer de pompfunctie van het hart onvoldoende is, kan een cardiogene shock ontstaan. Hierbij kan het hart het bloed onvoldoende rondpompen, wat orgaanfalen tot gevolg heeft. Jaarlijks worden ongeveer 3.000 patiënten in Nederland getroffen door een acuut hartinfarct met cardiogene shock en de mortaliteit onder deze patiënten is onacceptabel hoog.

Met zijn onderzoek wil Henriques komen tot verbeterde interventies bij mensen met acuut pompfalen en vroeg ingrijpen om zo het mortaliteitscijfer drastisch omlaag te brengen. Hij gaat hiertoe onder meer kijken naar de gevolgen voor de patiënt van een behandeling op de korte en de lange termijn, waarbij hij ook kosteneffectiviteit, behandelduur en kwaliteit van leven meeweegt. Daarnaast wil hij onderzoeken wanneer en met welke mechanische ondersteuning (een ingebrachte externe tijdelijke hartpomp) optimaal is voor patiënten met complexe cardiogene shock. Dit is van belang, aangezien de keuze om al dan niet te ondersteunen in een traumasituatie beslissend kan zijn.

Henriques is verantwoordelijk voor de coördinatie van de opleiding interventiecardiologie en het hartcatheterisatie-onderwijs binnen de opleiding Cardiologie van het AMC. Samen met het OLVG en VUMC initieerde hij in 2013 de regionale complicatiebesprekingen in de Amsterdamse regio. Hij doceert geneeskundestudenten op het terrein van cardiogene shock en begeleidt fellows met de subspecialisatie interventiecardiologie.

Henriques is sinds 2003 als cardioloog werkzaam bij het AMC. Sinds 2008 is hij tevens hoofd van de afdeling Hartcatheterisatie en in 2013 volgde zijn aanstelling als Principal Investigator in het AMC. Hij is betrokken bij het opzetten van een regionaal  samenwerkingsverband, tussen AMC, VUMC, OLVG, voor patiënten die behandeld worden met mechanische hartpompondersteuning.