Teun Boekhout zal zich in zijn onderzoek richten op de bio- en functionele diversiteit en de natuurlijke niche van (pathogene; ziekteverwekker van biologische oorsprong) schimmels (inclusief gisten). Dit doet hij zowel in de gematigde streken als in de tropen. Hij kijkt onder meer naar de ecosysteemfuncties van deze schimmels en hoe deze functies veranderen onder invloed van klimaatveranderingen, en naar de migratieroutes van (vooral pathogene) schimmels. Verder zal Boekhout diagnostic tools voor ziekte-veroorzakende schimmels gaan ontwikkelen. Met UvA-studenten hoopt hij ook de plaats die fermenterende gisten innemen in een ecosysteem (natuurlijke niches) te ontrafelen en de resulterende isolaten te benutten voor bijvoorbeeld. fermentaties.

Boekhout gaat college geven op het terrein van de biologie van schimmels, pathogenen en symbionten aan bachelor- en masterstudenten Biologie, Biomedische wetenschappen en Future Planet Studies.

Boekhout is sinds 1987 werkzaam bij het Centraal Bureau voor Schimmelcultures. Sinds 2001 leidt hij het onderzoek naar gisten en paddenstoelen. Tevens is hij visiting professor aan Shanghai Key Laboratory of Molecular Medical Mycology en research fellow bij het Institute of Microbiology van de Chinese Academy of Sciences (IM-CAS) in Beijing. Boekhout is ook  voorzitter van de divisie ‘Mycology and (other) Eukaryote Microbiology’ van de International Union of Microbiological Societies (IUMS).