In haar onderzoek richt Eva Pajkrt zich op het gebruik van echoscopie bij de voorspelling en preventie van zwangerschapscomplicaties, placenta-afwijkingen en foetale afwijkingen. Als hoofdonderzoeker in het Academisch Medisch Centrum (AMC) bestudeert zij de doelmatigheid van het pessarium en progesteron ter voorkoming van vroeggeboorte. Dit onderzoek voert Pajkrt uit in het kader van het Dutch Obstetric Consortium 2.0. Het maakt deel uit van het samenwerkingsverband PROMPT (PROspective Meta-analysis for Pessary Trials ), dat binnen het Global Obstetrics Network (GONet)  een op individuele patiëntgegevens gebaseerde meta-analyse wil doen van de trials die wereldwijd uitgevoerd worden met pessaria. Een andere belangrijke onderzoekslijn van Pajkrt is de doorlopende evaluatie van prenatale screening op chromosomale en structurele afwijkingen in de foetus in zowel het eerste als tweede trimester van de zwangerschap.

Pajkrt is werkzaam als gynaecoloog in de polikliniek Verloskunde en is hoofd van de sectie Foetale geneeskunde van het AMC. Als hoogleraar zal Pajkrt de dagelijkse patiëntenzorg combineren met haar onderzoekswerk. Haar doel is te komen tot verbetering van uitkomsten voor, tijdens en na de zwangerschap door betere risicobepaling  in de verloskundige zorg. Pajkrt zal ook betrokken zijn bij het AMC-onderwijs op het terrein van prenatale screening en foetale echoscopie.

Pajkrt heeft een groot aantal artikelen gepubliceerd in wetenschappelijke vaktijdschriften. Ze is lid van verschillende nationale en internationale organisaties en netwerken op het gebied van prenatale screening en preventie van vroeggeboorte. In 2011 werd ze benoemd tot voorzitter van de Werkgroep Foetale Echoscopie van de Nederlandse Vereniging voor Obstetrie en Gynaecologie (NVOG). Ze was tevens directeur van de Stichting Prenatale Screening Amsterdam en Omstreken (SPSAO), die verantwoordelijk is voor de kwaliteitscontrole van prenatale screening in Noordwest-Nederland. In 2016 werd Pajkrt door de minister van Volksgezondheid, Welzijn en Sport en de minister van Veiligheid en Justitie benoemd tot voorzitter van de Beoordelingscommissie late zwangerschapsafbreking en levensbeëindiging bij pasgeborenen.