Christina Eckes doet onderzoek naar integratie- en disintegratiestromingen in het institutionele en constitutionele recht van de Europese Unie. Sinds 2011 richt ze zich in het bijzonder op de interne constitutionele gevolgen van de externe acties van de Europese Unie. Naast onderzoek geeft Eckes onderwijs in verschillende mastervakken aan de Faculteit der Rechtsgeleerdheid van de UvA, waaronder EU Foreign Relations Law, European Criminal Law en het kernvak Principles and Foundations in European Union Law.

Sinds 2014 is Eckes bij ACELG een van de onderzoekleiders van het meerjarige onderzoeksprogramma Compound Constitutions in Europe. Gedurende het academisch jaar 2012-2013 was zij Emile Noël Fellow-in-residence aan New York University. In 2011 ontving Eckes een Veni-subsidie van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) voor haar onderzoeksproject Outside-In: Tracing the Imprint of the European Union's External Actions on Its Constitutional Landscape. De monografie van dit onderzoeksproject zal bij Oxford University Press verschijnen. Eerder publiceerde zij EU Counter-Terrorist Policies and Fundamental Rights - The Case of Individual Sanctions (Oxford University Press, 2009), de toonaangevende monografie over EU-sancties.

Eckes is sinds september 2008 werkzaam aan de Universiteit van Amsterdam. Eerder voltooide zij haar promotieonderzoek bij het Centrum voor Europees recht aan King's College in Londen (2008) en werkte zij als universitair docent in het EU-recht aan de Universiteit van Surrey, Groot-Brittannië (2007-2008).