Nicole Juffermans houdt zich bezig met het verbeteren van de conditie van IC-patiënten en de effectiviteit van medisch handelen. Als principal investigator bij het AMC leidt ze de onderzoekslijn die gericht is op effectiviteit van bloedtransfusie met daaraan verbonden bloedstolling, bloedarmoede, infecties en ontsteking. Dit onderzoek vindt plaats in Europees verband, in samenwerking met meerdere afdelingen in het AMC en Sanquin bloedbank. Daarnaast richt ze zich op regulering van hyperontsteking tijdens kritisch ziek zijn, door het gecontroleerd afremmen van het metabolisme. Ook dit onderzoek vindt plaats in Europees studieverband, waarbij meerdere disciplines betrokken zijn. Naast onderzoeker is Juffermans betrokken bij het onderwijsprogramma van de afdeling en verzorgt ze onderwijs en opleiding van AIOS, SEH-artsen en IC-verpleegkundigen.

Als hoogleraar zal Juffermans zich gaan richten op het voorkómen van (voortschrijdend) orgaanfalen door optimalisatie van IC-modellen. IC-patiënten vormen een enorme diverse populatie. Ook lijden IC-patiënten in de regel aan meer dan een aandoening. Deze factoren tezamen maken dat modellen nodig zijn om te onderzoeken wanneer een interventie wel en niet werkt.

Juffermans is internist-intensivist aan het AMC. Naast clinicus op de IC is zij hoofdonderzoeker in het Laboratory of Experimental Intensive Care Medicine and Anesthesiology van het AMC (LEICA) en staflid van de afdeling Intensive Care Medicine. Juffermans publiceerde veelvuldig in wetenschappelijke journals, is hoofdredacteur van The Netherlands Journal of Critical Care en  redacteur van de bundel Transfusion in the Intensive Care Unit.