Dhr. dr. J. Hugenholtz (1957) is benoemd tot bijzonder hoogleraar Industriële Moleculaire Microbiologie aan de Faculteit der Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica van de Universiteit van Amsterdam (UvA). De leerstoel is ingesteld vanwege de Stichting Bèta Plus.

Jeroen Hugenholtz doet onderzoek naar voedselfermentatie, in het bijzonder naar de micro-organismen die in dat proces een centrale rol spelen. De expertise van Hugenholtz ligt - vanaf zijn promotieonderzoek aan de Rijksuniversiteit Groningen en na zeventien jaar ervaring bij NIZO food research - vooral bij melkzuurbacteriën. Hierbij is zijn onderzoek vooral gericht op het sturen van de fermentatieprocessen in (industrieel) gewenste richtingen, leidend tot meer smaakvorming of een verhoging van de nutritionele waarde van voedingsmiddelen (zoals kaas en yoghurt) via bijvoorbeeld de productie van vitamines. Met name het laatste aspect, de verhoogde nutritionele waarde, staat sterk in de belangstelling en het proces van (voedsel)fermentatie is een aansprekende manier om dit via natuurlijke weg te bewerkstelligen.

In zijn onderzoek aan de UvA zal Hugenholtz zich richten op een toenemende controle van de fermentatieprocessen via een systeembiologische aanpak. Hij zal de fermentaties, en dan vooral de betrokken (melkzuur)bacteriën, in detail analyseren met behulp van genomics-technieken. Met de verkregen kennis kunnen beschrijvende en voorspellende (mathematische) modellen opgesteld worden van de melkzuurbacteriën tijdens de (voedsel)fermentaties. Met behulp van deze modellen kunnen de fermentatieprocessen effectiever uitgevoerd worden én wordt het mogelijk om nieuwe fermentatieprocessen te ontwerpen (met andere melkzuurbacteriën en/of met andere voedselsubstraten).

Hugenholtz is sinds 1989 in verschillende functies werkzaam bij NIZO food research, sinds 2004 als hoofdonderzoeker Health & Safety. Daarnaast is hij als hoofdonderzoeker verbonden aan het Wageningen Centre for Food Sciences (WCFS), binnen het onderzoeksprogramma Microbial Functionality and Safety. Hugenholtz is tevens vice-voorzitter van ‘The Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentation’, een toonaangevend nationaal onderzoekscentrum op het gebied van Genomics.